為了保證稅款及時、均衡入庫，在實際工作中，一般采取分月、分季預繳稅款，年終匯算清繳，多退少補的征收辦法。分月、分季預繳，一般按納稅人本季度 (月) 的課稅依據(jù)計算應納稅款，與全年決算的課稅依據(jù)往往很難完全一致，所以在年度終了后，必須依據(jù)納稅人的財務決算進行匯總計算，清繳稅款，對已預交的稅款實行多退少補。

納稅人辦理年度匯算補稅的，可以通過網(wǎng)上銀行、辦稅服務廳POS機刷卡、銀行柜臺、非銀行支付機構等方式繳納。郵寄申報并補稅的，納稅人需通過網(wǎng)上稅務局或者主管稅務機關辦稅服務廳及時關注申報進度并繳納稅款。

納稅人因申報信息填寫錯誤造成年度匯算多退或少繳稅款的，納稅人主動或經稅務機關提醒后及時改正的，稅務機關可以按照“首違不罰”原則免予處罰。

原內資企業(yè)所得稅制度規(guī)定，企業(yè)應在年度終了四個月內匯算清繳。而原外資企業(yè)所得稅法規(guī)定，企業(yè)應在年度終了五個月內匯算清繳。

新《企業(yè)所得稅法》將內外資企業(yè)所得稅年度匯算清繳的期限作了統(tǒng)一規(guī)定，企業(yè)應當自年度終了之日起五個月內，向稅務機關報送年度企業(yè)所得稅納稅申報表，并進行匯算清繳，確定全年應納所得稅稅額，結清稅款。

匯算清繳是指納稅人在納稅年度終了后規(guī)定時期內，依照稅收法律、法規(guī)、規(guī)章及其他有關企業(yè)所得稅的規(guī)定，自行計算全年應納稅所得額和應納所得稅額，根據(jù)月度或季度預繳的所得稅數(shù)額，確定該年度應補或者應退稅額，并填寫年度企業(yè)所得稅納稅申報表，向主管稅務機關辦理年度企業(yè)所得稅納稅申報、提供稅務機關要求提供的有關資料、結清全年企業(yè)所得稅稅款的行為。